Bendera Program Studi Sistem Informasi berbentuk empat persegi Panjang dengan ukuran panjang berbanding lebar 3 : 2 berwarna dasar biru dengan kode warna
RGB=0,176,240, yang ditengahnya terdapat lambang Universitas Sepuluh Nopember Papua, dan di bawah lambang bertuliskan “Sistem Informasi” berwarna hitam dengan kode warna RGB=17,10,2 dikelilingi rumbai berwarna kuning dengan kode warna RGB=255,240,0;